Para integrar as alterações dos pedidos no ERP é preciso ligar a configuração: " (TESTES) Enviar atualizações Pedidos vindos originalmente do Mercos?"
Mas pode acontecer de divergências caso aconteça um pedido no Mercos ao mesmo tempo.
Recomendado se possível, sempre realizar as alterações no Mercos, e deixar a configuração desligada.
*Não são levados alterações de preços e desconto do ERP para o Mercos.
ALTERAÇÕES DE PEDIDOS NO MERCOS PARA SANKHYA
Após o pedido integrar pela primeira vez, existe essa configuração para alteração dos pedidos de Mercos para Sankhya:

Mas ela é apenas atualizações de itens dos pedidos feitos no Mercos, outras atualizações não tem integrações, tendo que fazer esse processo diretamente no Sankhya.
Atenção ao alterar produtos:
Qualquer alteração em um produto deve ser feita no mesmo item já existente.
Não é permitido incluir novamente o mesmo produto com o mesmo código se ele já estiver no pedido, mesmo que haja diferenças em informações como quantidade, medidas ou outros campos.
Isso ocorre porque o Sankhya identifica o código do produto como o mesmo item, e portanto não reconhece a inclusão como um novo produto, resultando em falha na atualização do pedido no Sankhya.