Se os pagamentos não estiverem confirmados/recebidos e ainda não passou pela data de repasse do Mercos, as contas a receber ficaram pendentes no Omie.
Caso os pagamentos forem recebidos/confirmados e passou da data de repasse do Mercos, as contas a receber ficam como pagas/recebidas no Omie.
Caso você faça somente o passo acima, as contas a receber serão duplicadas no Omie, pois entraria uma conta a receber do Mercos Pay e outra do pedido que o Omie gera automaticamente.
Para que isso não aconteça, você deve editar a condição de pagamento no Mercos, colocando um (MP) para que a integração envie para o Omie que aquele pedido não deve gerar contas a receber.